税務調査で申告漏れや無申告が発覚した場合、不足している税額を納付するだけでなく、加算税や延滞税といったペナルティが別途課される可能性があります。
本記事では、税務調査で指摘を受けた場合に課されるペナルティの種類と税率の目安について解説します。

支払いが遅れた際に発生する延滞税（国税通則法第60条）

延滞税とは、本来の納付期限を1日でも過ぎると発生するペナルティです。
延滞税は、税務調査で指摘を受けた場合だけでなく、申告漏れや無申告などが発覚したすべてのケースで加算税に加えて課されます。
2026年時点の延滞税率は、納付期限の翌日から2か月以内は年2.8％、2か月を超えると年9.1％で、納付が遅れるほど負担は大きくなります。
税務調査で指摘を受けた後は、延滞税の累積を抑えるために速やかに納付手続きを進めることが重要です。
過少申告等の場合は1年が限度ですが、重加算税の場合数年前に遡るので相当の金額になります。

3つの加算税

税務調査で申告漏れや無申告が発覚した場合、以下の3種類の加算税のいずれかが課されます。
それぞれ確認していきましょう。

過少申告加算税（国税通則法第65条）

過少申告加算税とは、申告額が本来納めるべき税額より少なかった場合に課されるペナルティです。
税率は、原則として不足額の10％ですが、期限内申告税額と50万円いずれか多い金額を超える部分には5％が加算されます。
ただし税務調査の通知を受ける前に自主的に修正申告を行った際は過少申告加算税は課されません。
以下の表のように、過少申告加算税の税率はタイミングと金額によって異なります。

申告を行うタイミング	50万円以下の部分	50万円を超える部分
調査通知がなく自主的なとき	0％	0％
通知後更正を予知して されたのもでないとき	5％	10％
調査が始まった後	10％	15％

※調査が始まると更正を予知してされたものと考えられます

無申告加算税（国税通則法第66条）

無申告加算税とは、申告期限内に申告を行わなかった場合に課されるペナルティです。
以下の表のように、無申告加算税の税率はタイミングと金額によって異なります。

申告を行うタイミング	50万円以下の部分	50万円を超える部分
調査通知がなく自主的なとき	5％に軽減	5％に軽減
通知後更正を予知して されたのもでないとき	10％	15％
調査が始まった後	15％	20％（300万円超は30％）

重加算税（国税通則法第68条）

重加算税とは、売上を意図的に隠したり、架空の経費を計上したりなど、故意に事実を隠蔽または仮装した場合に課されるもっとも重いペナルティです。
税率は、過少申告の場合は不足額の35％、無申告の場合は40％と非常に高く、延滞税と合わせると本来の税額を大幅に上回る負担が生じることがあります。
さらに、税務調査の遡及期間が5年から7年に延長されることもあるため、過去の申告内容に遡って追徴課税が行われます。

まとめ

税務調査で指摘を受けた場合のペナルティには、過少申告加算税・無申告加算税・重加算税の3種類の加算税と延滞税があります。
自主的に修正申告を行うことでペナルティを軽減できる場合があるため、申告漏れに気づいた際は早期に税理士へ相談することをおすすめします。